动物的屠宰打破了这种防御体系，使得微生物特别易于入侵并在组织内部生长。屠宰不仅增加了微生物污染的机会，而且肉也是微生物生长的优良培养基。屠宰导致微生物对循环系统的污染，而去皮则会使大量微生物附着在胴体的表面。土壤、水、饲料、粪便、肠道微生物是肉类微生物的主要来源。屠宰的设施及操作人员是微生物污染的重要媒介。
由于微生物物种的多样性和来源的广泛性，导致了肉食的多相污染(表9-10)。自从有肉食加工的文字记载以来，微生物污染就是重要课题之一。为了保持肉食的食用性，预防腐败，人们一直在与微生物作斗争。
冷链系统可抑制大多数微生物的生长，因此，该技术在肉食贮藏中得到广泛的应用。通过冷却降温制造一个选择性的环境，只有极少数的微生物在肉食的表面生长。这些微生物菌群主要是革兰氏阴性菌，如假单胞菌和无色杆菌。有时可以检测到酵母和霉菌，尤其是在牛肉的成熟过程中。这些嗜冷性微生物的大量生长会导致肉食表面发黏，出现异味，引起颜色的变化。这些都是好气性微生物在表面生长的初级效应，但代谢的终产物能渗透到内部组织。如果肉食得到恰当的冷却，深层组织的腐败一般不会发生。这种腐败通常是由厌气性芽孢细菌所引起的。
肉的气调包装(Modified Atmosphere Packed，MAP)，由于巧妙地改变了贮藏的生态环境，可以抑制微生物的生长，延长鲜肉的货架期。通常二氧化碳浓度越高，对腐败微生物的抑制作用越强，100％二氧化碳可以获得较长的货架期。但高浓度的二氧化碳可能引发一些化学变化，而影响肉的品质，一般将二氧化碳的浓度控制在10％～40％之间。MAP肉的货架期反映在乳酸菌的消长变化上。而肠细菌与气单胞菌的生长则依赖于pH、贮藏温度、起始菌数、包装材料等因素。
MAP肉中高浓度的二氧化碳可以严格控制细菌的数量，特别是假单胞菌；而乳酸细菌如乳杆菌、明串珠菌、乳球菌、食肉杆菌等则可生长。乳酸细菌产生的乳酸可抑制肠细菌、环丝菌和Shewanella的生长。pH>6.0的肉中，肠细菌和其他兼性厌气性的微生物可以生长并形成优势菌群。Erichsen & Molin(1981)研究发现，MAP肉中的微生物主要有乳酸菌、假单胞菌和环丝菌；而在VP(Vacuum Packed)瘦肉中，环丝菌占微生物菌群总数的40％；带脂肪的VP肉微生物菌群较复杂，有55％的假单胞菌，23％产碱杆菌，9％乳酸菌和9％肠细菌；与DFD肉中肠细菌41％，假单胞菌36％，气单胞菌9％，产碱杆菌14％的微生态构成有较大的差异。
干制、腌制和其他形式的肉品保藏方法已有数百年的历史。按古代犹太教的习惯进行动物屠宰和对肉食进行的卫生防护措施被希尔伯人发展成肉品的贮藏方法之一。印第安人用腌制和干制的方法来保藏猪、牛肉，以提高肉食贮藏的品质。腌制和熏制后肉食的微生物学特性与鲜肉完全不同。腌熏制品中腌制剂，如氯化钠、硝酸钠、亚硝酸钠等，及接下来的相关处理中，形成了肉食制品中的一个微生态环境，对起初污染鲜肉并导致其腐败的革兰氏阴性细菌的生长有抑制作用，而只有一些特殊的革兰氏阳性细菌可以生长。在腌熏过程中的这种微生物的转换抑制了鲜肉中的大多数微生物菌群，而达到延长货架期的目的。鲜肉的真空包装也是基于相同的原理，即由于缺少氧气，正常好气性的腐败微生物得到了应有的抑制，而延长了肉制品货架期。
腌熏肉的微生物菌群主要包括微球菌、乳酸菌、链球菌、明串珠菌和微杆菌，还有部分的酵母和霉菌。腌熏肉食的腐败常见的有以下几种类型：一是表面发黏，主要是细菌在其表面大量生长所致；二是发酸，是由乳酸细菌等生酸菌类所引起；三是产气，是由异型乳酸发酵菌(如乳杆菌、明串珠菌等)和一些酵母发酵糖类所致；四是变绿，是由于肉中色素的化学氧化，各种乳酸细菌积累的过氧化氢和部分细菌的大量繁殖所致。
食盐和硝酸盐是有效的微生物抑制剂，许多病原微生物在腌熏肉食中都不能生长。此外，选择性的环境条件有利于乳酸菌的生长而成为微生态环境中的有力竞争者。乳酸细菌的生长通常伴随着酸性物质的形成，降低了产品的pH，进一步抑制了食物病原微生物的生长。葡萄球菌在与乳酸细菌的生存竞争中，不会因为pH的降低而受到影响；肉毒梭菌在腌熏制品中可以生长，但其毒素的形成受乳酸细菌的抑制。
常规腌熏过程的微生物菌群转换为发酵肉制品的生产提供了思路。欧洲和地中海地区的早期香肠的制作就借鉴了腌熏肉食的操作，而使发酵香肠具有良好的风味和稳定性，并且发酵香肠的大小、形状、组织结构、风味等都具有明显的地域特性。在世界发酵香肠的发展历程中，当各地域香肠的特性被人们所理解和接受时，它就成为肉食产品中的宠儿，而被受消费者睛睐，该香肠的发源地也就成为其特有的代名词。微生物学研究发现，所有这些产品的成功制作主要依赖于原材料和加工条件的控制。今天人们对环境生态因子的控制，主要是选择能有效地将糖转化为乳酸，并赋予产品特有的风味、稳定安全的乳酸菌。虽然肉品发酵的理念来源于肉食的酸化腐败，但随着科学技术的不断进步，人们可以有效地控制其酸度，从而生产出性能稳定，营养丰富，风味独特，被广泛接受的发酵肉制品。
传统发酵肉制品的微生物来源于环境中随机感染。这些微生物菌群主要是微球菌、凝固酶阴性的葡萄球菌、链球菌和乳酸杆菌。在香肠加工过程中，上述微生物可分别来自特定的香肠配料和生产的各单元操作。食盐和其他腌制剂的加入，有利于这些微生物的生长，而抑制原料肉中的有害微生物菌群。肉馅的冷处理、肠衣包裹隔绝氧气和烟熏过程都有利于有益发酵型微生物的生长。李宗军、江汉湖等近年来对我国侗族传统发酵肉制品——酸肉(Nanx wudl)中的微生态系进行了研究，主要的微生物菌群有乳酸菌、微球菌、凝固酶阴性的葡萄球菌和酵母菌
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