随着社会经济和人民生活水平的提高，消费者对海产品的需求也迅速增长。三文鱼以其新鲜的品质、独特的口味、丰富的营养，受到越来越多人的青睐。三文鱼属于硬骨鱼纲鲑形目鲑亚目鲑科的种类，挪威三文鱼主要为大西洋鲑，芬兰三文鱼主要是养殖的大规格红肉虹鳟，美国的三文鱼主要是阿拉斯加鲑鱼。目前，我国市场上进行人工养殖的三文鱼大都是大西洋鲑。由于三文鱼以生食居多，加之冷藏温度不足以完全抑制有害微生物的生长，这就对其微生物指标要求较为严格。
三文鱼受微生物感染的渠道
一般而言，新鲜海产品的微生物主要来源于其生长水域，且健康的海产动物的内部组织是无菌的。对于鱼类而言，通常只会在3个地方发现微生物的存在：身体表面的粘液、腮及肠道。深海三文鱼的生活水域较少引起三文鱼感染食源性致病菌，三文鱼受污染多发生在捕捞后的挑选加工、清洗、运输、贮藏等过程中。如果三文鱼在死去后没有立即去除内脏，肠内细菌会穿过肠壁进入内腔，导致其体内其他组织感染到肠道中的致病菌。
根据深圳市疾病预防控制中心2007年在各类型餐馆的抽查结果显示：三文鱼较易受大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的感染。三文鱼的运输、加冰贮存、切片、去皮、修整、销售等各个环节中的环境卫生、温度控制、加工工具以及操作人员的卫生情况，都会影响三文鱼的卫生状况，从而导致其受微生物感染。为了减少致病菌的感染，冰鲜三文鱼生产商应该建立三文鱼加工过程中的HACCP，对加工环境、工具及操作人员进行有效控制，这可以有效减低生食三文鱼感染致病菌的几率。
如何选择新鲜三文鱼
冰藏是三文鱼的保鲜方法，但冰藏有一定的时效性，并不能在长时间内完全抑制三文鱼内部活性酶及微生物的生长。判断三文鱼是否新鲜最直接简易的方法是从感官（如色泽，气温，肌肉纹理以及口感）进行判别。三文鱼体内的氧化三甲胺含量较高，若保存不当，腐败菌会将三甲胺还原成三甲胺氮，三甲胺氮的含量越高，海水鱼特有的腐臭味越明显，品质就越差。
一般而言，覆冰三文鱼最佳保鲜时期为1天。消费者在选购生食三文鱼应尽量选择冰藏期在1天的三文鱼，同时选择卫生条件良好的餐馆。
三文鱼的检测
目前国内暂时没有国家标准针对冰鲜生食三文鱼中微生物的限量作出规定，在日常检测工作可根据地方标准（如DB46/118-2008《生食三文鱼、龙虾卫生标准》）或企业标准进行检测及判定。
DB46/118-2008对菌落总数，大肠菌群以及致病菌（沙门氏菌、副溶血性弧菌、金黄色葡萄球菌、单增李斯特氏菌）均做出了规定，同时还规定了一些理化指标。生产企业在自行制定企业标准时，可以参考该标准内容。
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