细菌的活动
大肠中的细菌在大肠的消化活动中扮演重要角色。空气和食物中的细菌，经口腔进入消化道，由于结肠运动缓慢，温度和pH值合适等，使细菌得以大量繁殖。大肠菌群主要包括肠杆菌科中韵埃希氏菌属、柠檬酸绑菌属、魔雷伯氏菌属和肠杆菌属。
细菌的作用
细菌中含有能分解食物残渣的酶，对食物残渣中的糖类和脂肪的分解叫做“发酵作用”，其分解产物有单糖、醋酸、乳酸、二氧化碳、沼气、氢气等。如这类产物过多，就会刺激大肠而引起腹泻。大肠细菌还能利用大肠的内容物合成人体必需的某些维生素，如硫胺素、核黄素及叶酸等B族维生素和维生素K。
经细菌分解作用后的食物残渣及其分解产物、肠黏膜的分泌物、脱落的肠上皮细胞和大量的细菌一起组成了粪便。
人体大肠内的细菌构成了一个巨大而复杂的生态系统，对于维持人体正常的内环境稳定具有十分重要的作用。大肠内的菌群组成在正常情况下是稳定的，微生物之间的相互作用是菌群调节的重要因素。肠道菌群还能产生各种物质抑制其他菌种生长，甚至以此作为自身调节的方式，控制自身生长，如大肠菌素和短链脂肪酸等，都具有抑制细菌繁殖的作用。
值得注意的是，任何抗生素都可导致结肠菌群的改变，如何改变取决于药物的抗菌谱及其在肠腔内的浓度。
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