日前，哈医大基因组中心主任刘树林教授最近针对半封闭基因池模型，提出了界定细菌物种的3Cs标准。有关文章已经被伯杰氏国际系统微生物学学会期刊接受，即将付印。
3Cs标准是用于细菌自然分类的真正意义上的客观标准，其具体内容是：close relatedness among all members of the same unit(同一物种的所有成员亲缘关系密切), clear-cut genetic boundaries between highly related units of bacteria(近缘但是不同物种之间有清晰的遗传边界), and common biological features shared only by members of the same unit(同一物种的所有成员具有共同的生物学特性，而这些特征性的生物学特性不见于任何其他物种)。这三条标准的英文表述都是由英文字母C开头，因此叫做3Cs标准。这一科研成果是刘树林教授团队在20多年的沙门菌比较基因组学研究的基础上取得的。
有了这个3Cs标准，人们就可以重新审视迄今人类已经通过以往的标准确定或待定的细菌物种，其最直接的社会意义是指导临床诊断和治疗。医生们将不再困惑为什么肠沙门菌(Salmonella enterica这是目前令医生困惑的细菌名称)有些可引起无需治疗的胃肠炎，另一些却可引起致命的伤寒病，而清楚地知道，它们是不同的细菌物种，即引起胃肠炎的是鼠伤寒沙门菌(Salmonella typhimurium)等细菌，而引起伤寒病的是另外的物种，即伤寒沙门菌(Salmonella typhi)。
上世纪70年代以前，细菌的物种主要是根据细菌的形态、生化反应、血清学试验等表型性状来界定。从上世纪70年代初开始，人们采用细菌基因组DNA杂交方法测定细菌之间的亲缘关系，后来把DNA杂交率>70%作为细菌物种的界限，沿用至今。
1980年前后，美国科学家Carl Woese采用核糖体核糖核酸小亚基即16S rRNA序列比对方法研究细菌种系进化和亲缘关系，同时把16S rRNA序列相似度>97%作为细菌物种的界限。从那时起，科学家们就把这两项指标作为定义细菌物种的金标准。这两项指标的应用，给细菌进化和分类学领域的研究带来了革命性的变化，其最大优点是能够客观地反映细菌间的亲缘关系。然而，由于这两项指标都是连续性的，因此70%和97%都是人为硬性界定的，没有真正的科学道理。此次刘树林教授团队提出的3Cs标准不但可明确地界定细菌的物种，而且阐明了为什么如此界定。
（来源：东北网）
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