当前，畜牧业和饲料工业面临的挑战主要体现在两个方面，一是产品质量安全问题。二是发展问题。
现阶段，我国畜产品和饲料质量安全相对于畜产品和饲料质量安全要求、食品安全的需求以及国际竞争力的需要，问题还比较突出。今年三鹿牌婴幼儿奶粉事件的发生，对抓好畜产品和饲料质量安全起到了很好的警示作用。奶牛主产区普遍出现倒奶现象，个别地区出现宰杀奶牛现象，广大奶农生产积极性受到沉重打击；民族品牌信誉受损，一些国家（地区）禁止进口我国乳制品。
自2007年4月中国出口到美国的食品级谷物蛋白粉导致美国宠物事件发生以来，农业部高度重视饲料原料和饲料产品中“蛋白精”（主要成分是三聚氰胺）的查处工作。一年多来，先后开展了检测标准制定、饲料原料和产品监测、安全评价试验、违法违规案件查处等工作。三鹿奶粉事件发生后，按照国务院的总体部署，农业部开展了以饲料原料和饲料中三聚氰胺查处为重点的饲料质量安全整治行动。
当前饲料质量安全仍存在着一些风险隐患，饲料质量安全监管工作仍有薄弱环节。一是饲料原料质量安全隐患较为严重。我国饲料原料来源广泛复杂，影响原料质量安全因素众多，玉米中霉菌毒素、重金属超标、蛋白质原料中掺杂使假等问题都给饲料质量安全从源头上带来的不少隐患。二是向饲料中添加违禁添加物的行为仍然存在。从近年来发生的瘦肉精、红心蛋、宠物饲料等突发事件可以看出，个别饲料生产企业和养殖户为牟取私利，向饲料中添加违禁药物和有害化学物质的违法行为仍有存在。三是监管对象多、监管措施落实难。
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