(1) 、细菌
土壤中细菌可占土壤微生物总量的 70 ％ ~90% ，其生物量可占土壤重量的 1/10 000 左右。但它们数量大、个体小，与土壤接触的表面积特别大，是土壤中最大的生命活动面，也是土壤中最活跃的生物因素，推动着土壤中的各种物质循环。细菌占土壤有机质的 1% 左右。土壤中的细菌大多为异养型细菌，少数为自养型细菌。土壤细菌有许多不同的生理类群，如固氮细菌、氨化细菌，纤维分解细菌、硝化细菌、反硝化细菌、硫酸盐还原细菌、产甲烷细菌等在土壤中都有存在。细菌在土壤中的分布一般粘附于土壤团粒表面，形成菌落或菌团，也有一部分散于土壤溶液中。且大多处于代谢活动活跃的营养体状态。但由于它们本身的特点和土壤状况不一样，其分布也很不一样。
细菌积极参与着有机物的分解、腐殖质的合成和各种矿质元素的转化。
（ 2 ）、放线菌
土壤中放线菌的数量仅次于细菌，它们以分枝丝状营养体缠绕于有机物或土粒表面，并伸展于土壤孔隙中。 1g 土壤中的放线菌孢子可达 10 7 ~10 8 个，占土壤微生物总数的 5 ％ ~30% ，在有机物含量丰富和偏碱性土壤中这个比例更高。由于单个放线菌菌丝体的生物量较单个细菌大得多，因此尽管其数量上少些，但放线菌总生物量与细菌的总生物量相当。
土壤中放线菌的种类十分繁多，其中主要是链霉菌 ( Streptomyces ) 。目前已知的放线菌种大多是分离自土壤。放线菌主要分布于耕作层中，随土壤深度增加而数量、种类减少。
(3) 、真菌
真菌是土壤中第三大类微生物，广泛分布于土壤耕作层， 1g 土壤中可含 10 4 ~10 5 个真菌。真菌中霉菌的菌丝体象放线菌一样，发育缠绕在有机物碎片和土粒表面，向四周伸展，蔓延于土壤孔隙中，并形成有性或无性孢子。
土壤霉菌为好氧性微生物，一般分布于土壤表层，深层较少发育。且较耐酸，在 pH5.0 左右的土壤中，由于细菌和放线菌的发育受到限制而土壤真菌在土壤微生物总量中占有较高的比例。
真菌菌丝比放线菌菌丝宽几倍至几十倍，因此土壤真菌的生物量并不比细菌或放线菌少。据估计，每 g 土壤中真菌菌丝长度可达 40m ，以平均直径 5 m m 计，则每 g 土壤中的真菌活重为 0.6mg 左右。土壤中酵母菌含量较少，每 g 土壤在 10~10 3 个，但在果园、养蜂场土壤中含量较高，每 g 果园土可含 10 5 个酵母菌。
土壤中真菌有藻状菌、子囊菌、担子菌和半知菌类，其中以半知菌类最多。
(4) 、藻类
土壤中藻类的数量远较其他微生物类群为小，在土壤微生物总量中不足 1% 。在潮湿的土壤表面和近表土层中，发育有许多大多为单细胞的硅藻或呈丝状的绿藻和裸藻，偶见有金藻和黄藻。在温暖季节的积水土面可发育有衣藻、原球藻、小球藻、丝藻、绿球藻等绿藻和黄褐色的硅藻，水田中还有水网藻和水绵等丝状绿藻。这些藻类为光合型微生物，因此易受阳光和水分的影响，但它们能将 CO 2 转化为有机物，可为土壤积累有机物质。
（ 5 ）、 原生动物
土壤中原生动物的数量变化很大，每 g 有 10~10 5 个。在富含有机质的土壤中含量较高。种类有纤毛虫、鞭毛虫和根足虫等单细胞能运动的原生动物。它们形态和大小差异都很大，以分裂方式进行无性繁殖。原生动物吞食有机物残片和土壤中细菌、单细胞藻类、放线菌和真菌的孢子，因此原生动物的生存数量往往会影响土壤中其他微生物的生物量。原生动物对于土壤有机物质的分解具有显著作用。
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