早在19世纪50年代，欧洲公共卫生细菌学家德国的Seeliger氏和挪威的Henrcksen氏便推荐并采用以在分类学上准确描述命名的肠杆菌科来代替无分类学名称的大肠菌群、粪大肠菌群作为食品卫生指标菌。其优点为可消除因大肠菌群、粪大肠菌群产气特性随检验方法和实验条件不同而造成结果的不准确性；检出肠杆菌科可以认为加工后产品再次污染细菌，因此大大提高了以大肠菌群或粪大肠菌群试验来证明食品加工不当的敏感性。若食品中肠杆菌科的计数超过一定限量，则表明在加工过程中存在着一个或多个缺陷。如不适当的加工工艺、后加工的再污染、储存的温度不当等。在乳品工业中采用肠杆菌科作为指标菌则有着更重要的公共卫生学意义。如在生产奶酪时，若使用未经巴氏消毒的牛奶，因生奶在农场或转运冷藏期间肠杆菌科中的嗜冷性细菌如蜂房哈夫尼亚菌和沙雷氏菌可生长且分解蛋白质和脂肪，促使奶酪成熟并产生香味。但当生奶冷藏时间过长，这些菌生长繁殖达到很高的数量，则会使生奶产生异味并变质。所以控制一定数量的肠杆菌科细菌对设计有效的冷藏期限和对加工工艺的评价有很大的价值。此外，生奶中的产气肠杆菌和大肠艾希氏菌能发酵乳糖产生大量气体，可引起奶酪产生大量气孔。奶酪早期气孔的产生及肠杆菌科的水平和种类均可预示着有潜在的危险。尚有在肉类及海产品中较高水平的肠杆菌科中的嗜冷、分解脂肪和蛋白质的细菌可使其变质、发生酸败。因此，检测这类细菌与细菌总数的比例对某些食品是极其有用的质量指标。

肠杆菌科作为指标菌尚未在世界范围内通用，仅限于欧洲。其对食品中肠杆菌科的要求限量列于下表。

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