引起食源性疾病的病毒主要有甲型病毒、戊型病毒、轮状病毒、诺瓦克样病毒和朊病毒等。
1、甲型病毒
甲型病毒性肝炎是由甲型肝炎病毒HAV通过粪-口途径传播的急性传染病，呈世界性分布，发病率高，传染性强。在不发达国家，HAV的感染率高，常常发生甲肝的暴发流行。HAV是直径27-32nm的20面体立体对称的圆球颗粒，无囊膜。HAV的核酸为单股正链RNA，有感染性。HAV病毒是一种独特的小核糖核酸病毒，遗传学性质稳定，有7个基因型，只有1个血清型。
2、戊型病毒
戊肝即戊型病毒性肝炎是一种严重的新发胃肠道传染病，在发展中国家有暴发流行，发达国家主要由旅游途径输入。本病流行绝大多数是水型流行，有明显的季节性。HEV为正20面体，无包膜的球形颗粒，形态学上分类属杯状病毒。HAV基因组为单股正链RNA，约7.6Kb。
3、轮状病毒
轮状病毒是引起婴儿非细菌性腹泻的主要病原。该病毒属呼吸病毒科，病毒颗粒直径68-70mm，分11个片段双股RNA。将轮状病毒分为A、B、C、D、E、F、G组。与人有关的为A、B、C组。在同一组又将病毒分为不同的血清型。现在已发现有7组不同的血清型，与人类腹泻有关的血清型主要属于轮状病毒A、B、C组。A组轮状病毒是幼儿严重水样腹泻的主要原因。B组轮状病毒是引起成人腹泻的主要原因。C组轮状病毒则是主要引起世界各地散发的儿童腹泻。
4、诺瓦克样病毒
诺瓦克病毒（NV）和诺瓦克样病毒（NLV）是一组世界范围内引起的急性无菌性胃肠炎的重要病原，它们有许多共同特征：①直径26～35nm的小圆结构病毒，无包膜；②分离自急性胃肠炎病人的粪便；③不能在细胞或组织中培养；④基因组为单股正链RNA；⑤在Cscl密度梯度中的浮力密度为（1.36～1.41）g/cm3；⑥电镜下缺乏显著的形态学特征。此病毒的主要经粪-口传播，生吃贝类食物是导致诺瓦克样病毒胃肠炎暴发流行的最常见原因。
5、朊病毒
朊病毒病即海绵状脑病是由朊病毒（Prion）引起的人和动物中枢神经系统病变性致死疾病。疯牛病（BCD）是最著名的朊病菌毒病。除了上述朊病毒外，人患的还有克-雅氏病（CID）、新型克-雅氏病（v CID）、致死性家族性失眠症（FFI）、格-斯综合征（GSS）和库鲁病（Kuru）等，动物性的朊病毒病还包括羊瘙痒病（Scrapie）、鹿和麋的慢性消瘦病（CWD）、传染性水貂脑病TME和猫海绵状脑病（FSE）。朊病毒是美国科学家Prusiner提出的超出经典病毒学的概念，是不被大多数修饰核酸的方法灭活的蛋白传染性颗粒，称为抗蛋白酶蛋白PrP。PrP可分为正常型（PrPC）和致病型（PrPSC）。编码PrP基因存在于正常哺乳动物基因组内，编码33-35KD的神经元细胞表面糖蛋白，是一种蛋白酶敏感的可溶性蛋白质，二级结构中α-螺旋占40%，β-折叠占30%，半衰期短。PrPSC是PrPC的构象异构体，是抗蛋白酶的不溶性蛋白，存在于细胞内。其二级结构与PrPSC有显著差异，α-螺旋38%，而β-折叠高达43%，半衰期较长。这导致PrPSC与PrPC理化性质完全不同。PrPSC高度热稳定，紫外线离子辐射及羟胺均不能丧失其侵染能力。人朊病毒除了遗传性、医源性、散发性外，还有食源性。Kuru病就是由于吃了Kuru病死者的脑组织而传染的。