净水微生物主要有以下功能和特点：
1：去碳去氮
如芽孢杆菌、碱杆菌属、假单胞菌、黄杆菌等复合菌有去除水中的碳、氮、磷系化合物的能力，并有转化硫、铁、汞、砷等有害物质的功能。
2：杀灭病毒
如枯草杆菌、绿脓杆菌具有分解病毒外壳酶的功能而杀灭病毒。
3：降解鱼药的毒性
如假单胞菌、节杆菌、放线菌、真菌有降解转化残留化学鱼药的功能。
4：絮凝作用
如芽孢杆菌、产气杆菌、产碱杆菌、黄杆杆菌等有生物絮凝作用，可以将水体中的有机碎屑结合成絮状体，使重金属离子沉淀，很容易被过滤器截流而移出系统外，使水体清澈。
5：反硝化作用
如芽孢杆菌、短杆菌、假单胞菌都是好氧菌和兼性厌氧菌，以分子氧作最终电子载体，在供氧不充分的时间与空间，可以利用硝酸盐为最终电子载体，起反硝化作用，将硝酸盐移出系统外，提高PH值。
6：彻底净化
这种复合菌能利用水中浓度极低的营养物质，在水中硝酸盐、葡萄糖仅为1-10毫克/升时，这些水生细菌仍能利用和耗尽它，把氮和氨的浓度降至为0。
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