除广义的粘菌和细菌外，真菌则分为担子菌、子囊菌、接合菌和鞭毛菌等，都各成亚门。鞭毛菌类是生殖细胞有鞭毛的一类真菌，作为这一类菌的统称，此名是很适宜的，但它们的鞭毛的遗传特性却各式各样，因此也很难于系统地归纳。一般被划为这样的几个独立类群，即壶菌、丝壶菌类和卵菌类。此外，有时也把根肿菌纲也包括在鞭毛菌中，但一般认为它属于粘菌类，另也有人把它作为一个独立的类群。