生物名称分两类，一类是区域性的俗名（vernacular name）；另一类是国际上统一使用的名称，即学名（scientific name）。
俗名是一个国家或地区使用的普通名称，如我们把引起人结核病的细菌叫“结核杆菌”，而英语称“tubercle bacillus”，而俄语则称“tyбepkyлёзная палочка”。俗名的优点是在一定的区域内通俗易懂便于记忆，但俗名有局限性，尤其是不便于国际间的交流。所以为了使生物分类单元的名称能在国际上通用，就需要制定一个为各国生物学工作者共同遵守的命名法则，即国际生物命名法规，来管理生物分类单元的命名，以确保生物名称的统一性、科学性和实用性。现在分别由国际动物命名法规、国际植物命名法规和国际细菌命名法规来分别管理各类生物的命名。据报道，目前正在制定适用于各类生物的统一的国际生物命名法规，预计新的统一的生物命名法规到2000年正式实施，下面以细菌为例简要介绍有关微生物命名的基本常识。
1.分类单元的命名 所有正式分类单元（包括亚种和亚种以上等级的分类单元）的学名，必须用拉丁词或其他词源经拉丁化的词名。 ⑴ 属名 属名用一个单数主格名词或当作名词用的形容词来表示，可以是阳性、阴性或中性，首字母要大写。例如，Bacillus（芽孢杆菌属）（阳性），拉丁词，原意为“小杆菌”因该属菌有芽孢而译为?把挎吒耸艟保籆lostridium（梭菌属）（中性），源于希腊词，原意为“纺锤状菌”；Salmonella（沙门氏菌属）（阴性），以美国细菌学家D.E.Salmon的姓氏命名。 ⑵ 种名 和其他生物一样，细菌的种名也用双名法（binomial nomenclature）命名，即种的学名由属名和种名加词两部分组合而成。第一个次为属名，首字母要大写；第二个词为种名加词，常用形容词（要与属名性别一致），也可以用人名、地名、病名或其他名词（名词用主格或所属格形式），种名加词首字母不大写。例如，Pseudomonas aeruginosa（铜绿色假单胞菌），其中，Pseudomons是属名（假单胞菌属）（阴性）；aeruginosa是种名加词，是拉丁语形容词（阴性），原意为“铜绿色的”；Mycobacterium tuberculosis（结核分枝杆菌），其中 Mycobacterium是属名（分枝杆菌属）系希腊词源的复合词（中性），tuberculosis是种名加词，是希腊词和拉丁词缀合成的名词所属格形式，意为“结核病的”；Bacillus thuringiensis（苏云金芽孢杆菌），其中 thuringiensis是种名加词，它是德国地名Thuringia的拉丁语所属格形式。当泛指某一属细菌而不特指该属中任何一个种（或未定种名）时，可在属名后加sp.或spp.（某些微球菌）。 ⑶ 亚种名亚种名为三元式组合，即由属名、种名加词和亚种名加词构成。例如： Alcaligenes denitrificans subsp. xylosoxydans 属名 种名加词 subspecies 亚种名加词 （产碱杆菌属）（反硝化的） 的缩写（亚种） （氧化木糖的） 该亚种名可译为:反硝化产碱杆菌氧化木糖亚种. ⑷ 属级以上分类单元的名称 亚科、科以上分类单元的名称，是用拉丁或其他词源拉丁化的阴性复数名词（或当作名词用的形容词）命名，首字母都要大写。其中细菌目、亚目、科、亚科、族和亚族等级的分类单元名称都有固定的词尾（后缀），其词尾的构成及例子见表12-4。 此外，在分类单元名称的后面还可以附上命名人的姓名和命名年号。例如Staphylococcus aureus Rosenbach 1884，这表明该菌（金黄色葡萄球菌）是由Rosenbach 1884年命名的。属、种和亚种等级的分类单元的学名在正式出版物中应用斜体字印刷，以便识别。
2. 命名模式及其指定 如前所述，由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准，为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱，细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”。即根据命名法规要求，正式命名的分类单元应指定一个命名模式（简称模式）作为该分类单元命名的依据。种和亚种指定模式菌株（type strain）；亚属和属指定模式种（type species）；属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）。因此，当某一菌株被鉴定为一个新种或新的亚种时，该菌株就应指定为该种或该亚种的模式菌株；如果有几个菌株同时被鉴定为一个新种或亚种，则必须指定一个较有代表性的菌株作为该种或亚种的模式菌株。模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。模式种和模式属的确定也大体如此。
3. 新名称的发表 根据细菌命名法规的规定，有效发表新的细菌名称应在公开发行的刊物上进行，在菌种目录、会议记录、会议论文摘要的均不能视为有效发表。此外，若新名称是在国际系统细菌学杂志（IJSB）以外的其他杂志上发表的，要取得国际上承认和学名优先权，还必须经过新名称的合格化发表，即将有效发表的英文附本送交IJSB审查，被认为合格后，在该杂志上定期公布，命名日期即从公布之日算起，否则不算合格发表，也不能取得国际上的承认。发表新名称时，应在新名称之后加上所属新分类等级的缩写词，如新目“ord.nov.”、新属“gen.nov.”、新种“sp.nov.”等。例如，Pyrococcus furiosesus sp.nov.表明该菌（猛烈火球菌）是一个新发表的种。
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