在水生微生物的研究中无论是试图了解水环境中微生物的数量及其变化规律，还是调查其种类组成或分离某种微生物，首先遇到的问题是在什么时间，什么地点和用什么样的设备与方法进行取样。
水生微生物栖息的场所大致可分为水与沉积物两处，由于水和沉积物的物理化学及生物学的环境条件显著不同，在其中生存的微生物种类、数量和活性等也有很大的差异。例如，同样是海水而外洋水、沿岸水和不受海流影响的水域，由于受污染的程度、有机物含量、潮汐变化和水深等因素的不同，使其所含的微生物的种群组成及其功能也就有明显的差异。水底沉积物中微生物的情况也是如此。所以，无论是粗略地调查微生物种群的生态分布，还是结合实验结果来推侧水中微生物可能进行的活动，都必须正确掌握现场的各种因素。对水生微生物进行调查研究时一般必须了解水的温度、透明度、pH ，盐度、深度、溶解氧、可溶性有机碳，铵态氮，亚硝态氮、硝态氮，磷酸、悬浮有机络合物、藻类及其光合作用活性和其他浮游生物等状况；而对水底沉积物中微生物的调查还要增加底质、泥温、硫化氢、各种金属的浓度以及氧化还原电位等项目。这些环境因素的调查方法在有关水质调查方法的著作中都有详细的论述。另外，近年来还生产有各种水质快速连续测定仪，如温盐连续测定器，叶绿素浊度连续侧定仪等，都可供微生物调查取样时使用。
一、取样前的准备
（一）仪器准备
在取样前必须根据调查计划所规定的调查站数及采样数量做好采样瓶、采水球、移液管、培养皿、水样引出管、水样贮存瓶、过滤器等器具的消毒和灭菌工作。所有的消毒器具应以只能使用一次的原则按所需要的数量备齐。有些器具的数量要比原计划需要量多20-30%，以备用。玻璃器皿用高压蒸气灭菌法灭菌，橡皮球用化学法消毒。消毒灭菌后各种器具要求包装严密，不得中途污染。
（二）性能检查
采样出发前要对各种采集仪器、设备进行一次全面的性能检查。例如，检查真空泵能否正常抽气。采水瓶（球）有无破痕、瓶塞（球塞）是否紧密等。上船后还要做好固定仪器的工作，特别是电炉、酒精灯、抽滤瓶及真空抽气泵等要固定牢。
（三）配制各种培养基和试剂
取样前应配制好所需的各种培养基、染色液、稀释液、试剂，并用水浴锅把固体培养基溶化后存放在
（四）取样前的现场记录
到达采集地点时，首先要核实所在站位的实际位置和水深，以便决定取样层次和数量．将各种现场环境因素（物理化学因素和周围情况）、站位、站号、日期、时间、水层、瓶号填入记录表相应栏，并签上采集者姓名，随同样品带回实验室。
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