对于一些含有不耐热成分的培养基或者添加成分（如部分抗生素等），经常采用过滤除菌的方式。某些情况下，许多液体培养基也能采用过滤除菌的方式使用，相比较与高压蒸汽灭菌，过滤除菌可以更好的保留培养基的营养成分完整性，防止糖类等成分出现焦化，可以获得更好的使用效果，特别是在模拟灌装试验中，应用非常广泛。由于过滤除菌的工艺仅仅是通过滤膜阻拦细菌而不是杀死细菌，因此比高压蒸汽灭菌失败的风险要高，对于样品的要求、过程控制都是非常严格的。

  （1）水质：通常情况下，配制培养基用水的微生物载量是比较低的，但是如果水中的微生物超标，特别是配制体积较大时，水中的微生物总量较多，也会导致过滤除菌工艺失败。因此当水中微生物数量较多时，可以对培养基用水进行初过滤或加热等方式降低水中微生物数量，降低风险。

  （2）设备管道：主要是在过滤前的设备和管道，若未进行有效的消毒措施，很可能有微生物存活，导致过滤除菌失败。过滤前的培养基容器及管道也应尽可能进行灭菌处理。

  （3）培养基负载：培养基中的微生物初始污染数量对于过滤除菌效果的影响至关重要，特别是进行模拟灌装时，使用的TSB干粉最好是经特定工艺处理的，能达到无菌或接近无菌效果最好，市场是售卖的TSB干粉一般是有菌的，这个培养基营养高，微生物初始污染数量一般是比较高的水平，在过滤除菌之前，应对微生物初始污染数量进行测试，尽可能采取措施减少菌数。

  （4）支原体污染：过滤除菌通常采用0.22μm的滤膜过滤除菌，支原体是可以通过这个滤膜的，特别是在TSB中，某些支原体可以通过滤膜并在TSB中生长，造成污染，这也是做模拟灌装使用TSB干粉要经过特定工艺灭菌处理的原因，支原体很可能会存在于干粉当中，也有可能存在于环境、水、设备设施中。

 （5）过滤时长及温度：对于营养类培养基的过滤除菌，应尽快完成过滤的过程，特别是在室温较高的情况下，培养基中少量的微生物也会很容易快速繁殖，达到较高的水平，造成过滤除菌失败。因此配制好的培养基应快速完成过滤除菌，若过滤时间较长，则必须将环境和培养基的温度控制在较低水平，尽可能减缓微生物的繁殖速度。

  （6）设备及工艺：过滤过程受培养基体积、微生物初始污染数量、滤膜质量等因素影响，可能出现滤膜穿孔现象，因此在过滤时，通常可以采用多级过滤方式，孔径由大到小，降低过滤失败的风险。

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